慈濟大學藥學系為全臺第十家藥學系，卻是百年來東臺灣地區之第一家藥學系。創校者證嚴上人長年看見東臺灣地區醫療匱乏，自1993年起先後於花蓮創立慈濟護專與慈濟醫學院；期間積極蘊育醫護人才、改善東臺灣醫療環境、投入全球人道救援，已有目共睹。為持續加強東臺灣地區及全球人道救援之藥事照護品質，並欲培育富含慈濟人文精神之藥師予以所用，因而冀望於本校再成立藥學系。歷經十餘年載努力，終於2023年九月正式獲得教育部來文(臺教高(四)字第1122202724號)，同意本校申設六年制藥學系30員額，並於2024年八月(113學年度)起開始招收第一屆慈大藥學系新生。