慈濟大學藥學系為全臺第十家藥學系，卻是百年來東臺灣地區之第一家藥學系。創校者證嚴上人長年看見東臺灣地區醫療匱乏，自1993年起先後於花蓮創立慈濟護專與慈濟醫學院；期間積極蘊育醫護人才、改善東臺灣醫療環境、投入全球人道救援，已有目共睹。為持續加強東臺灣地區及全球人道救援之藥事照護品質，並欲培育富含慈濟人文精神之藥師予以所用，因而冀望於本校再成立藥學系。歷經十餘年載努力，終於2023年九月正式獲得教育部來文(臺教高(四)字第1122202724號)，同意本校申設六年制藥學系30員額，並於2024年八月(113學年度)起開始招收第一屆慈大藥學系新生。

慈濟大學藥學系碩士班前身為111學年度成立的慈濟大學臨床藥學研究所，以藥學系畢業生進修為臨床藥師之管道。自116學年度起整併為「藥學系」，含學士班及碩士班班別），廣招曾就讀藥學系四至五年制、以往專科六年至八年(加二技進修)制藥學相關科系畢業生、成為在職藥師們或非藥學系生醫相關背景者，欲增進臨床藥事專業與研究能力的進修管道。此外，我們也期望整併後的慈大藥學系學士班、碩士班，對於整體提升東部地區藥事人員需求、作為臨床藥學進修管道以及培訓慈濟全球醫療志業自需的藥學人才皆有實質幫助。若再繼續進修，則可直攻博士學位，成為目前國內所匱乏的臨床藥學師資或研究人才。